V roce 1992 byl Českou národní radou přijat zákon o ochraně přírody a krajiny č. 114/1992 Sb., který byl vzhledem k minulému stavu ochrany přírody velmi moderně koncipovaný. Legislativně byla zakotvena nejen ochrana zvláště chráněných území (včetně nově pojaté kategorizace), ale také ochrana např. cenných starých stromů, tvorba územního systému ekologické stability v kulturní krajině atd. Státní ochrana přírody získala důležité kompetence ve státní správě, plánování i v realizaci péče o chráněná území.
V roce 1995 byl přijat zákon o lesích č. 289/1995 Sb., který nahradil nevyhovující socialistické zákony o lesích (federální československý zákon č. 61/1977 Sb., o lesích a český zákon č. 96/1977 Sb., o hospodaření v lesích a státní správě lesního hospodářství). Zákon nově definuje také funkce lesů a veřejně deklaruje zájem společnosti na uplatnění trvale udržitelného hospodaření v lesích.
Usnesením vlády ČR č. 53 z 13. ledna 2003 byl schválen Národní lesnický program (NLP), navazující na závazné mezinárodní i národní programové a koncepční dokumenty (3. ministerská konference o ochraně evropských lesů v Lisabonu – 1998; rezoluce Rady Evropské unie „O lesnické strategii pro EU“ – 1998; 6. zasedání Konference smluvních stran Úmluvy o biologické rozmanitosti v Haagu – 2002). NLP byl vypracován jako společný dokument Ministerstva zemědělství a Ministerstva životního prostředí ČR. Jednou z devíti kapitol NLP je kapitola „Lesy ve zvláště chráněných územích“, která se snaží analyzovat problémy a navrhnout řešení v problematice péče o lesy ve zvláště chráněných územích.
